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Umfangreiche Erfahrung mit den wesentlichen Repositorien von Expressionsdaten und -signaturen ist vorhanden.
Considerable experience with the major repositories of expression data and signatures is available.
Verschiedene Faktormodelle werden in dieser Arbeit auf simulierte und experimentelle Expressionsdaten angewendet.
In this work, different factor models are applied to simulated and experimental expression data.
Die Expressionsdaten wurden mit klinisch-pathologischen Parametern und mit dem Patientenüberleben korreliert.
Expression data were correlated with clinicopathological parameters and with patient survival.
Oft hat eine pathway query viele Instanzen, so dass es wichtig ist, die statistische Signifikanz der einzelnen Instanzen in Hinblick auf Expressionsdaten oder andere Kriterien zu bestimmen.
Often, a pathway query has many matching instances, and it is important to assess the statistical significance of the individual instances with respect to expression data or other criteria.
Anschließend werden die fünf Präprozessierungsmethoden mit diesen simulierten Expressionsdaten auf ihre Sensitivität und Spezifität untersucht.
Afterwards the five pre-processing methods are applied to the simulated expression data and examined for their sensitivity and specificity.
Expressionsdaten von E. coli-Stämmen mit ausgeschalteten Transkriptionsfaktoren wurden evaluiert; die Ergebnisse entsprachen der Erwartung gut.
Expression data from E. coli transcription factor knockout strains were evaluated and the results were in good agreement with the expectation.
Pathway queries erlauben die Beschreibung von Netzwerkmustern, die funktionale Annotationen sowie Expressionsdaten enthalten.
Pathway queries allow the formulation of network templates that can include functional annotations as well as expression data.
Ein Hauptziel ist es, teleologische Aussagen über Genexpression auf explizite Annahmen zurückzuführen und dadurch klarer zu formulieren, und so einen theoretischen Rahmen für die Integration von Expressionsdaten und Funktionsannotationen zu liefern.
A main aim is to clarify teleological assertions about gene expression by deriving them from explicit assumptions, and thus to provide a theoretical framework for the integration of expression data and functional annotations.
Durch Kombination von Expressionsdaten, phylogenetischer Rekonstruktion und Strukturanalysen war es möglich, zu zeigen, dass dieses Östrogen-synthetisierende Enzym wahrscheinlich zuerst an der Cholesterin-Biosynthese beteiligt war, und zwar bei der Reduktion von 3-Ketosteroiden.
Integrating expression data, phylogenetics and structural analyses it was possible to demonstrate that this estrogenic enzyme probably has an ancestral function in cholesterol metabolism, namely the reduction of 3-ketosteroids.
Bei der Simulation von Expressionsdaten wird angenommen, daß die Genexpression von einigen unbeobachteten Variablen ("biologischen Expressionsmoden") abhängt, die den Zellzustand beschreiben und deren Einfluss auf die Gene sich durch nichtlineare Funktionen, die sogenannten Genprogramme, beschreiben läßt.
To simulate expression data, it is assumed that gene expression depends on several unobserved variables ("biological expression modes") which characterise the cell state and that the genes respond to them according to nonlinear functions called "gene programs".
ICA und verwandte Methoden werden auf Expressionsdaten aus Zellzyklusexperimenten angewendet: neben biologisch interpretierbaren Moden werden experimentelle Artefakte identifiziert, die vermutlich Hybridisierungseffekte oder eine Verunreinigung der Proben widerspiegeln.
ICA and similar methods are applied to expression data from cell-cycle experiments: besides biologically interpretable modes, experimental artefacts, probably caused by hybridisation effects and contamination of the samples, are identified.
Anschließend wurden größere Protein- Protein- Interaktionen (PPI) und Signalnetzwerke von C. floridanus rekonstruiert und analysiert und daraufhin wurden die Infektions-induzierten funktionalen Module im Netzwerk entdeckt und die Expressionsdaten über Netzwerke abgebildet.
Second, large-scale protein-protein interactions (PPIs) and signalling network of C. floridanus were reconstructed and analysed and further the infection induced functional modules in the networks were detected by mapping of the expression data over the networks.
Während sich bei den empirisch und gammaverteilt simulierten Expressionsdaten kein eindeutiges Ergebnis abzeichnet, hat sVSN bei den Daten aus dem linear gemischten Modell die größte Sensitivität und die größte Spezifität.
Whereas the results for the expression data simulated with gamma-distribution and the empirical distribution are ambiguous, the sVSN method applied to the data from the linear mixed model shows the biggest sensitivity and specificity.
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