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Dieses kann in MD-Simulationen erfasst werden und einen Hinweis auf die mögliche Giftigkeit des Stoffes liefern.
This can be recorded in MD simulations and relates to the compound's toxic potential.
Für diese MD-Simulationen wird ein neues effektives Modell mit weichen Potenzialen eingeführt und sein Phasendiagramm vorgestellt.
For the MD simulations a new effective model with soft interaction potentials is introduced and its phase diagram is presented.
In dieser Arbeit wurde mittels MD-Simulationen und statistischer Thermodynamik ein Verständnis des Benetzungsvorganges auf molekularer Ebene entwickelt.
In this thesis, understanding of the wetting phenomena at the molecular scale is developed by means of MD simulations and statistical thermodynamics.
Diese Modelle können für die Postprozessierung eines Dockings angewendet werden, um die vielversprechendsten Kandidaten zu identifizieren und anschließend in rechnerisch anspruchsvolleren MD-Simulationen genauer zu untersuchen.
The models can be used for postprocessing a docking calculation in order to identify the most promising ligands and subsequently investigating them with computationally more demanding MD simulations.
Wir präsentieren MD-Simulationen für flexible Moleküle mit bis zu ein paar Dutzend Atomen und geben Einblicke in das dynamische Verhalten dieser Moleküle.
We present MD simulations, for flexible molecules with up to a few dozen atoms and provide insights into the dynamical behavior of these molecules.
Dieser Pro- zess ähnelt einem sekundären Relaxationsprozess von Flüssigkeiten beim Glasübergang und er ist in qualitativer Übereinstimmung mit dem anomalen Abfall, der mit MD-Simulationen beobachtet wird.
The signature of this process resembles a secondary relaxation process of liquids at the glass transition and is in qualitative agreement with the anomalous decay, which is investigated by MD simulations.
MD-Simulationen und kinetische Analysen helfen uns, 1 zu visualisieren, wie sehr sich die aktiven (grünen) und inaktiven (roten) Zustände unterscheiden und 2) die in den Thermodynamik prognostizierte Flexibilität innerhalb jedes Ensembles.
MD simulations and kinetic analysis help us visualize 1) how much the active (green) and inactive (red) states differ and 2) the conformational flexibility within each ensemble as predicted by thermodynamics.
Mit den ungebundenen Proteinen gestartet, reproduzierten die umfangreichen MD-Simulationen die experimentell bestimmten Komplexstrukturen.
The extensive MD simulations that were started from the unbound proteins reproduced the experimentally known structures of the complexes.
Hiervon wurden fünf in MD-Simulationen als Apoprotein und im Komplex mit verschiedenen Inhibitoren verglichen.
Five of these proteins were compared in MD simulations, both as apoproteins as well as complexed with different inhibitors.
MD-Simulationen der beiden Apoproteine belegten, dass die geringere Distanz nicht durch Artefakte beim Modellieren der Strukturen bedingt ist.
MD simulations of both apoproteins proved that the smaller distance is not caused by artefacts introduced during modelling of the structures.
Die atomaren Mechanismen in der Nähe der Übergangstemperatur sind sehr schwer experimentell zu bestimmen, und herkömmliche MD-Simulationen würden selbst auf einem modernen Supercomputer jahrelange Rechenzeit erfordern.
The atomic mechanisms near the transition temperature are very difficult to be determined by experiment, and MD simulations would require years of compute time even on a modern super-computing system.
MD-Simulationen konnten aufzeigen, dass dieser Unterschied in der Effizienz auf Grundlage der erhöhten Mobilität der arabino-konfigurierten Farbstoffe zu erklären ist, im Gegensatz zu den sehr stark wechselwirkenden und unbeweglichen ribo-konfigurierten Farbstoffen.
MD simulations have shown that this striking difference in efficiency can be explained by the increased mobility of the arabino-configured dyes, as opposed to the highly interactive and stacking ribo-configured dyes.
Nach einem kurzen Überblick über MD-Methoden, möchte ich in dieser Arbeit einige MD-Simulationen vorstellen.
After a short overview on MD methods, several MD simulations will be presented.
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