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RNA-seq data
Um diese Daten einfach und benutzerfreundlich analysieren zu können, wurde eine automatisierte RNA-seq Daten Analyse Pipeline entwickelt.
An automated RNA-seq data analysis pipeline was implemented to allow for a convenient and user-friendly way to process these data.
Da ein Granulozyten-spezifisches lncRNA Transkriptom nicht verfügbar war, verwendeten wir PolyA+ Granulozyten RNA-Seq Daten von 10 Personen um eine de novo Annotation von lncRNAs und mRNAs zu generieren und identifizierten dabei zahlreiche bisher unbekannte lncRNAs.
Granulocyte-specific transcriptome (and particularly lncRNA) annotation was unavailable and we used PolyA+ RNA-seq data from 10 individuals to create de novo lncRNA and mRNA annotation in granulocytes, identifying numerous novel lncRNAs.
UNSER THEMA: Zeitreihenanalyse der Genexpression bei Escherichia coli zur Validierung von RNA-Seq Daten
OUR TOPIC: Time series analysis from gene expression of Escherichia coli for validation of RNA-Seq data
Wir bestätigten auch, dass dieses Phänomen nicht nur bei unserem Datensatz auftritt, sondern auch bei veröffentlichten RNA-Seq Daten von 9 humanen Geweben (20 Personen pro Gewebe) des GTEx Projekts und bei lymphoblastoiden Zelllinien von 462 Personen.
We confirmed the generality of the discovered phenomenon by analyzing publicly available data from 9 human tissues (20 individuals each) from GTEx project and lymphoblastoid cell lines (462 individuals).
Hierfür wurden verfügbare globale RNA-Seq Daten von Stat4 bzw. Stat6 Knockout Mausstudien sowie STAT4 bzw. STAT6 ChIP-Seq Daten mit dem generierten RNA-Seq Datensatz der T-Helferzellen integriert.
Therefore available global RNA- seq data of Stat4 and Stat6 knockout mice studies as well as STAT4 and STAT6 ChIP-seq data was integrated with the generated RNA-seq data set of T helper cells.
Dann verwendeten wir ribosomenlose RNA-seq Daten von Granulozyten, die wir von 7 Personen in>=1-Monats-Intervallen isoliert haben und analysierten damit die Expressionsunterschiede der annotierten lncRNAs und mRNAs.
We then used ribosomal depleted RNA-seq of granulocytes from 7 individuals sampled at>=1-month intervals to calculate expression variation of the annotated lncRNAs and mRNAs.
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