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computing sequence-structure alignments
Examples with "computing sequence-structure alignments" and their translation in Duits
In this thesis we present a novel framework for computing sequence-structure alignments of RNA sequences.
In dieser Arbeit stellen wir ein neues Modell für das Berechnen von multiplen Sequenz-Struktur-Alignments von RNA-Sequenzen vor.
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Due to the high computational cost of the underlying sequence-structure alignment problem, our algorithms efficiently compute semi-global alignments of structural RNA patterns and substrings of the target sequence whose costs satisfy a user-defined sequence-structure edit distance threshold.
Aufgrund des hohen Berechnungsaufwands des hierfür erforderlichen Sequenz-Struktur-Alignments, berechnet das vorgestellte Verfahren effizient nur semi-globale Alignments zwischen strukturellen RNA Mustern und Teilworten der zu durchsuchenden Sequenz, deren Alignmentkosten einen benutzerspezifischen Schwellwert nicht überschreiten.
Results: We present a graph-based representation for sequence-structure alignments, which we model as an integer linear program (ILP).
Wir beschreiben Struktur-Alignments als graphentheoretisches Problem und zeigen danach, wie man dieses Modell als ganzzahliges lineares Programm (ILP) formulieren kann.
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