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genomische DNA-Probe
genomischen DNA-Probe
Method according to one of the preceding claims, further characterized in that the genomic DNA sample is propagated in b) in the form of several amplified fragments, whereby at least 0.01% of the total genome is amplified.
Verfahren nach einem der voranstehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß man in b) die genomische DNA-Probe in Form mehrerer amplifizierter Fragmente vermehrt, wobei man mindestens 0,01 % des gesamten Genoms amplifiziert.
To this end, the following method steps are carried out: a) a genomic DNA sample is amplified with primers that are either very short or degenerated oligonucleotides or oligonucleotides that are complementary to adapters.
Dazu werden im Einzelnen die folgenden Verfahrensschritte durchgeführt: a) Ein genomische DNA-Probe wird mit Primem amplifiziert, die entweder sehr kurze oder degenerierte Oligonukleotide oder zu Adaptoren komplementäre Oligonukleotide sind.
The method according to any one of the preceding claims, characterized in that one increases the genomic DNA sample in the form of several amplified fragments in b), so that it is amplified at least 0.01% of the total genome.
Verfahren nach einem der voranstehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß man in b) die genomische DNA-Probe in Form mehrerer amplifizierter Fragmente vermehrt, so daß man mindestens 0,01% des gesamten Genoms amplifiziert.
In the second method step a genomic DNA sample is preferably treated with a bisulphite (= disulphite, hydrogen sulphite) in such a way that all non-methylated cytosine bases are converted to uracil, whilst the 5-methylcytosine bases remain unchanged.
Im zweiten Schritt wird eine genomische DNA-Probe bevorzugt mit einem Bisulfit (=Disulfit, Hydrogensulfit) derart behandelt, dass alle nicht methylierten Cytosinbasen in Uracil umgewandelt werden, während die 5-Methylcytosin-basen unverändert bleiben.
A genomic DNA sample is chemically treated, preferably with a bisulfit (= disulfite, hydrogen sulfite), enabling the cytosine to be converted into uracil, while the 5-methylcytosine remains unchanged.
Eine genomische DNA Probe wird chemisch, bevorzugt mit einem Bisulfit (=Disulfit, Hydrogensulfit), derart behandelt, dass Cytosin in Uracil umgewandelt wird, während 5-Methylcytosin unverändert bleibt.
Finally, the fragments are studied with respect to the base composition of both complementary strands of the amplificates, whereby the methylation status in the amplified section of the genomic DNA sample is deduced from the difference in the molecular weight of both strands.
Zuletzt werden die Fragmente hinsichtlich der Basenzusammensetzung jeweils der beiden komplementären Stränge des Amplifikates untersucht, wobei aus dem Unterschied im Molekulargewicht der beiden Stränge auf den Methylierungsstatus in dem amplifizierten Abschnitt der genomischen DNA-Probe geschlossen wird.
The method according to one of the preceding claims, further characterized in that information on cytosine methylations in a genomic DNA sample is determined.
Verfahren nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass man über die Identität der hybridisierten Oligomere Information über Cytosin Methylierungen in einer genomischen DNA Probe ermittelt.
A genomic DNA sample, which comprises the DNA to be investigated and background DNA is chemically treated in such a way that all of the unmethylated cytosine bases are converted to uracil, whereas the 5-methylcytosine bases remain unchanged
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist daher ein Ver fahren zur Auffindung von epigenetischen Informationsträ gern in Form von 5-Methylcytosin-Basen in genomischer DNA, das eine Vielzahl von Sonden gleichzeitig zur mas senspektrometrischen Untersuchung eines Arrays von Ziel- Nukleinsäuren verwendet.
The invention relates to a method for detecting the degree of methylation of a defined cytosine in the sequence context 5'-CpG-3' of a genomic DNA sample.
Beschrieben wird ein Verfahren zur Detektion des Methylierungsgrades eines bestimmten Cytosins im Sequenzkontext 5'-CpG-3' einer genomischen DNA-Probe.
METHOD FOR THE ENRICHMENT OR ANALYSIS OF DNA FRAGMENTS FROM A COMPLEX GENOMIC DNA SAMPLE
VERFAHREN ZUR ANREICHERUNG ODER ANALYSE VON DNA FRAGMENTEN AUS EINER KOMPLEXEN GENOMISCHEN DNA PROBE
In the case of the ligation product, a nucleotide carries a detectable tagging, and the lengthening is subject to the methylation status of the respective cytosine in the genomic DNA sample.
Bei dem Ligationsprodukt trägt ein Nukleotid eine nachweisbare Markierung und die Verlängerung hängt vom Methylierungsstatus des jeweiligen Cytosins in der geno-mischen DNA-Probe abhängt.
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