Esto se refleja en el sesgo en el uso de codones que se observa en muchas especies.
This is reflected in the codon usage bias that is observed in many species.
Este sesgo en el uso de codones puede presentarse por diferentes razones, algunos selectivas y algunos neutras.
Such codon usage bias may arise for different reasons, some selective, and some neutral.
Agrupamiento de codones por residuos aminoacídicos, volumen molar e hidropatía[editar]
Grouping of codons by amino acid residue molar volume and hydropathy.
La sobreabundancia en el número de codones permite que varios aminoácidos sean codificados por más de un codón.
The overabundance in the number of codons allows many amino acids to be encoded by more than one codon.
En la tabla siguiente se muestran los errores absoluto y relativo entre cada cociente de población de codones y su nota musical correspondiente.
In the next table I show the absolute and relative error computed between each codon population ratio and the corresponding musical note.
Investigación adicional indica que la utilización de codones en genes también es establecida para maximizar la precisión de la síntesis de proteínas en el ribosoma.
Further research indicates that codon usage in genes is also set up to maximize the accuracy of protein synthesis at the ribosome.
Estudios adicionales han demostrado que los sesgos de codones pueden predecirse estadísticamente en procariotas usando sólo secuencias intergénicas, argumentando en contra de la idea de fuerzas selectivas en las regiones codificantes y apoyando aún más el modelo de sesgo mutacional.
Additional studies have demonstrated that codon biases can be statistically predicted in prokaryotes using only intergenic sequences, arguing against the idea of selective forces on coding regions and further supporting the mutation bias model.
Una explicación gira alrededor a la teoría selecionista, en el cual el sesgo de codones contribuye a la eficacia y/o exactitud de la expresión de la proteína y por tanto experimenta una selección positiva.
One explanation revolves around the selectionist theory, in which codon bias contributes to the efficiency and/or accuracy of protein expression and therefore undergoes positive selection.
Muchas mutaciones no causan ningún efecto visible, ya sea porque ocurren en los intrones o porque ellos no cambian la sucesión de aminoácidos debido a la redundancia de codones.
Many mutations are silent mutations, causing no visible effects at all, either because they occur in non-coding or non-functional sequences, or they do not change the amino-acid sequence due to the redundancy of codons.
Estos estudios sugieren que el uso de codones influye en la velocidad a la que los polipéptidos emergen vectorialmente del ribosoma, lo que puede afectar aún más a las vías de plegamiento de proteínas a través del espacio estructural disponible.
These studies suggest that codon usage influences the speed at which polypeptides emerge vectorially from the ribosome, which may further impact protein folding pathways throughout the available structural space.
Hay 64 posibles combinaciones de codones.
There are 64 possible codon combinations.
Finalmente, mediante el uso de modelos de sustitución de codones se detectaron más de 1000 genes codificantes bajo selección positiva, probablemente indicativos de evolución adaptativa.
By using codon substitution models we have detected more than 1000 protein-coding genes evolving under positive selection, likely indicative of adaptive evolution.
Es muy importante introducir los parámetros, y en el orden correcto (es decir, primero el nombre del fichero que contiene la secuencia, y después el del fichero que contiene la tabla de sesgo en el uso de codones).
It is very important to enter the parameters, and in the right order (that is, first the name of the file containing the sequence, then the file containing the codon usage bias table).
