Bioinformatische Verfahren zur kombinierten Analyse von Transkriptom-, Metabolom- und Proteomdaten
Bioinformatics methods for the combined analysis of transcriptome, proteome, and metabolome data
Etablierung einer automatisierten Plattform zur Transkriptom- und Epigenomanalyse einzelner Zellen
Establishment of an automated platform for the transcriptome and epigenome analysis of single cells
Zuerst wurde das Genom von C. floridanus neu annotiert, die Verbesserung der existierenden Annotation wurde rechnerisch und mit Transkriptom- Daten erreicht.
First, the C. floridanus genome was re-annotated for the improvement of the existing annotation using the computational methods and transcriptomics data.
Eine wichtige Rolle spielt dabei auch die Aufklärung molekularer und zellulärer Mechanismen, die an der Proteinproduktion beteiligt sind, durch Transkriptom-, Proteom- und Metabolom-Analysen.
In this context, an important aspect of our activities is the elucidation of molecular and cellular mechanisms affecting protein production using transcriptomics, proteomics and metabolomics.
Typische Anwendungen sind Genom(re)sequenzierung, Transkriptom- und Metagenomanalysen.
Typical applications are genome (re)sequencing, transcriptomic and metagenomic analyses.
Zudem führten die Extrakte zu einer starken Veränderung des Transkriptom- und Proteom-Profils, wobei sie die transkriptionelle Hochregulation von Stress- aktivierten und Apoptose-assoziierten Genen bewirkten, sowie die Zunahme von proteasomalen Proteinen und die Abnahme von ribosomalen und spliceosomalen Proteinen auslösten.
Moreover, the transcriptomic and proteomic profile of Ewing sarcoma cells showed strong alterations evoking a transcriptional upregulation of stress- activated and apoptosis-associated genes accompanied with an upregulation of proteasomal proteins and a downregulation of ribosomal and spliceosomal proteins.
Zur Identifizierung von Kandidatengenen und nachgeschalteten Genen wurde eine kombinierte Transkriptom- und Proteomanalyse durchgeführt.
For candidate and downstream target gene identification, a combined transcriptome and proteome analysis was performed.
Um die Proteomdaten zu bekräftigen und zu vervollständigen, wurden Transkriptom- und extrazelluläre Metabolom-Analysen durchgeführt.
To confirm and complete the proteomic data transcriptome and extracellular metabolome analyses were performed.
Fľr ein vollständiges Verstehen der Proteom-, Transkriptom- und Metabolomdaten ist die Untersuchung der Enzymaktivitäten ein entscheidendes Hilfsmittel.
For a complete understanding of proteome, transcriptome and metabolome, the investigation of enzyme activities is a crucial step.
Die Verifi kation und Validierung dieses Modells erfolgt anhand von Transkriptom-, Proteom- und Metabolomdaten aus Fermentationsprozessen.
Verifi cation and validation of this model is accomplished by using transcriptome, proteome and metabolome data from fermentation processes.
Die Projekte umfassen die Analyse und Validierung von Proteom-, Transkriptom-, Meta-Transkriptom und Metabolom-Datensätzen in verschiedenen Organismen.
The projects include the analysis and validation of proteome, transcriptome, meta-transcriptome and metabolome datasets in different organisms.
Diese Techniken erlauben die Erstellung immunfluoreszenzchemischer Profile und die Analyse sowie Sortierung von Einzelzellen zur Transkriptom- und Proteomanalytik.
These techniques allow the generation of immunofluorescence chemical profiles and the analysis and sorting of individual cells for transcriptome and proteome analysis.
Rechts: Immunfluoreszenz für Integrine in Tumorzellen; Transkriptom- und Proteom-Untersuchungen in Tumorzellen nach Behandlung.
Right: immunofluorescence of integrins in tumor cells; transcriptome and proteome analyses in tumor cells after treatment.
