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Proposed contributions make use of equilibrium molecular dynamics simulations interpreted through linear response theory and normal mode analysis.
Les contributions qui composent cette thèse mettent en œuvre des algorithmes de dynamique moléculaire interprétés selon le formalisme de la théorie de la réponse linéaire et de l'analyse des modes normaux.
Structure-flexibility relationship: previous work on normal mode analysis is extended, focusing noteworthy on the production of ensembles of protein conformers able to recapitulate the ensembles that can be observed by nuclear magnetic resonance or in the course of long molecular dynamics simulations.
La relation structure-flexibilité: des travaux sur l'analyse des modes normaux continuent, plus spécifiquement sur la production de jeux de conformères de protéines capables de récapituler ceux observés par RMN ou au cours d'une longue trajectoire de dynamique moléculaire.
the methods include partitioning the system's degrees of freedom into a subspace and a subspace complement according to frequency using normal mode analysis (NMA)
les procédés consistent à partager les degrés de liberté d'un système en sous-espace et complément de sous-espace selon une fréquence utilisant l'analyse des modes normaux (NMA)
A coarse-grained normal mode analysis (CNMA) is also presented that enables application of this approach to very large proteins and long timescales.
L'invention concerne également une analyse des modes normaux à grains grossiers (CNMA) qui permet l'application de cette approche à de très grosses protéines et sur de longues échelles de temps.
The oscillators' bath is described by a normal mode analysis or via the electronic gap fluctuation obtained by QM/MM calculations.
Le bain d'oscillateurs a été décrit par une analyse en modes normaux ou via la fluctuation de l'écart énergétique obtenue par des calculs de type QM/MM.
To understand the detailed mechanisms of SERCA1a regulation by SLN, molecular dynamics (MD) simulations and normal mode analysis (NMA) were performed using the 3D structures of SERCA1a-SLN complex embedded in a POPC bilayer.
Pour comprendre le mécanisme détaillé de la regulation de SERCA1a par la SLN, des simulations de dynamique moléculaire et des analyses des modes normaux (NMA) ont été réalisées en utilisant la structure 3D du complexe SERCA1a-SLN inséré dans une bicouche de POPC.
This method is based on the combination of the Rapidly-exploring Random Tree (RRT) algorithm with Normal Mode Analysis (NMA), which allows efficient exploration of the high dimensional conformational spaces of proteins.
Cette méthode est basée sur la combinaison de l'algorithme RRT (Rapidly-exploring Random Tree) avec l'analyse en modes normaux, qui permet une exploration efficace des espaces de dimension élevée tels les espaces conformationnels des protéines.
This method is based on the combination of the Rapidly-exploring Random Tree (RRT) algorithm with Normal Mode Analysis (NMA), which allows efficient exploration of the high dimensional conformational spaces of proteins.
Cette méthode est basée sur la combinaison de l'algorithme RRT (Rapidly-exploring Random Tree) avec l'analyse en modes normaux, qui permet une exploration efficace des espaces de dimension élevée tels les espaces conformationnels des protéines.
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Synoniemen voor normal mode analysis in het Engels