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L'objectif de la thèse était donc de déterminer les approches bioinformatiques et statistiques les plus pertinentes pour reconstruire des réseaux d'interactions microbiennes à partir de données de metabarcoding.
The objective of the thesis was therefore to determine the most relevant bioinformatics and statistical approaches to reconstruct microbial interaction networks from metabarcoding data.
L'un des défis actuels consiste à reconstruire les pathobiomes à partir de données de metabarcoding, pour identifier des agents potentiels de biocontrôle et pour surveiller en temps réel leurs réponses aux changements environnementaux.
One of the current challenges is to reconstruct pathobiomes from metabarcoding data, in order to identify potential biocontrol agents and to monitor in real time their responses to environmental changes.
Grâce à la méthode de metabarcoding, les chercheurs ont pu évaluer les abondances des espèces des eukaryotes unicellulaires présentes à la surface de l'océan global, et ils les ont comparés dans les échantillons récoltés sur 121 sites différents.
Using metabarcoding, researchers were able to assess global abundances of unicellular eukaryotes present on the ocean surface, comparing data from samples collected on 121 sites.
Durant son stage Marjorie a exploité un jeu de données de metabarcoding de méroplancton côtier afin d'une part d'évaluer la fiabilité de cette technique sur ce type d'échantillon et d'accéder à la compréhension des changements de structure (diversité, composition) de cette communauté.
During her internship, Marjorie exploited a data set of metabarcoding of coastal meroplacton in order to evaluate the reliability of this technique on this type of sample and to gain an understanding of the changes in structure (diversity, composition) of this community.
La méthode de metabarcoding a également été utilisée pour identifier la contribution des surfaces liées à l'environnement pré et post récolte des cabosses de cacao lors d'une fermentation réalisée au Mexique.
In addition, this method was used to identify the contribution of the surfaces related to the pre- and post-harvest environment of cocoa pods during the fermentation, which was carried out in Mexico.
L'étude a été réalisée en utilisant les données de metabarcoding générées à partir des échantillons biologiques et des données environnementales associées recueillies au cours de la campagne Tara Oceans (2009-2013), une circumnavigation globale couvrant toutes les principales provinces océaniques.
The study was conducted using the metabarcoding data generated from the biological samples and associated environmental data collected during the Tara Oceans (2009-2013) global circumnavigation covering all major oceanic provinces.
L-étude a été réalisée en utilisant les données de metabarcoding générées à partir des échantillons biologiques et des données environnementales associées recueillies au cours de la campagne Tara Oceans 2009-2013, une circumnavigation globale couvrant toutes les principales provinces océaniques.
The study was conducted using the metabarcoding data generated from the biological samples and associated environmental data collected during the Tara Oceans 2009-2013 global circumnavigation covering all major oceanic provinces.
Grâce aux technologies de barcoding et de metabarcoding utilisées par DNA Gensee, l'authentification de matières premières brutes et la détection de la rose dans un mélange, un extrait ou un produit sont possibles.
Thanks to barcoding and metabarcoding technologies used by DNA Gensee, authentication of raw materials and the detection of the rose in a mixture, an extract or a product is possible.
Ils ont échantillonné au total 39 sites en Guyane et ont comparé la diversité et la composition des assemblages en utilisant les méthodes traditionnelles de capture et la méthode de metabarcoding.
They sampled a total of 39 sites in French Guiana and compared diversity and assemblages composition using traditional capture methods and metabarcoding method.
Les récents résultats de metabarcoding des échantillons issus de Tara Oceans ont révélé qu'une part significative du plancton de la couche océanique supérieure éclairée est représentée par un groupe (Excavata) peu étudié d'eucaryotes hétérotrophes flagellés, appelés diplonémides.
Recent results from the Tara Oceans metabarcoding study revealed that a significant part of the plankton in the upper sunlit layer of the ocean is represented by an understudied group of heterotrophic excavate flagellates called diplonemids.
DNA Gensee, via son laboratoire d'analyses ADN et sa technique de metabarcoding, prouve la traçabilité des produits de la ruche et permet ainsi de cartographier les différentes espèces végétales présentes dans un miel, une propolis ou une cire d'abeille (Figure 1).
DNA Gensee, through its DNA analysis laboratory and metabarcoding technique, proves the traceability of hive products and thus makes it possible to map the different plant species present in honey, propolis or beeswax (Figure 1).
Ce stage a été l'opportunité d'intégrer à l'instance galaxy de metabarcoding la suite OBItools.
It was the opportunity to integrate the OBItools suite into the galaxy instance for metabarcoding.
Organismes: Outils d'analyse des données de metabarcoding, Outils de corrélation images/séquences génétiques et d'annotation manuelle d'imagerie.
Organisms: Tools for analyzing meta-barcoding data Tools for correlating images/ genetic sequences, and for manual annotation
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