A second aspect of the thesis concerns gene network inference using transcriptomic data.
Un deuxième volet de la thèse concerne l'inférence de réseaux de gènes à partir de données transcriptomiques.
The tools and methodologies we propose improve the quantification of transcriptomic data and lead to a better understanding of the transcriptome and of gene expression.
Les outils et les méthodologies que nous proposons améliorent la quantification des données de transcriptomique et mèneront à une meilleure compréhension du transcriptome et de l'expression des gènes.
Moreover, the notion of expression of a protein from transcriptomic data is complex because translation (RNA to protein) can also be regulated up or down.
Qui plus est, la notion d'expression d'une protéine à partir de données de transcriptomique est complexe car la traduction (ARN en protéines) peut également être régulée à la hausse ou à la baisse.
It was then complemented with transcriptomic data previously analysed in order to obtain a more integrated view of the different phenomena and to study the dynamics of functional modules.
Puis il a été complété avec les données de transcriptome précédemment analysées, afin d'obtenir une vision plus intégrée des différents phénomènes et d'étudier la dynamique des modules fonctionnels.
This article describes how the transcriptomic data were produced on sunflower plants subjected to water deficit.
Cet article décrit la production de données transcriptomiques sur des plantes de tournesol soumises à un stress hydrique.
Database of transcriptomic data with automatic and standardized analyses.
Base de données rassemblant des données transcriptomiques, avec des traitements standardisés et automatisés.
New discoveries are thus made possible in terms of biomarkers built from transcriptomic data, with individualized prognoses.
De nouvelles découvertes sont donc rendues possibles en termes de biomarqueurs construits à partir de données transcriptomiques, avec des pronostics individualisés.
At the same time, transcriptomic data will be collected to develop molecular markers related to a specific stressor.
En même temps, des données transcriptomiques seront recueillies afin d'élaborer des marqueurs moléculaires propres à un agent de stress donné.
The knowledge of promoter architecture is now possible due to genome annotation and transcriptomic data.
Une meilleure connaissance de l'architecture des promoteurs est aujourd'hui accessible via l'annotation des génomes et les données transcriptomiques.
Management, analysis and integration of transcriptomic data
Gestion, analyse et intégration des données transcriptomiques
That is why, firstly we focus on the issue of transcriptomic data denoising, in a visualisation framework.
C'est pourquoi, nous abordons premièrement la problématique de débruitage des données transcriptomiques.
To this end, we use real and simulated data to control the amount of information contained in the transcriptomic data.
Pour cela, nous utilisons des données réelles et simulées permettant de contrôler la quantité d'information contenue dans les données transcriptomiques.
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